สถาบันสิทธิมนุษยชนแห่งชาติผ่านกฎหมายประกอบรัฐธรรมนูญเมื่อวันที่ 10 ธันวาคม 2562 และจัดตั้งอย่างเป็นทางการเมื่อวันที่ 1 สิงหาคม 2563 สถาบันสิทธิมนุษยชนแห่งชาติที่จัดตั้งขึ้นใน Control Yuan มีคณะกรรมการทั้งหมด 10 คน ประกอบด้วยประธาน รองประธาน และสมาชิก 8 คน
การจัดตั้งสถาบันสิทธิมนุษยชนแห่งชาติในไต้หวันเกิดขึ้นจากการริเริ่มของนักวิชาการด้านสิทธิมนุษยชน ศาสตราจารย์ Huang Mo ในปี 1997 ในปี 1999 Huang Wenxiong ประธานสมาคมไต้หวันเพื่อการส่งเสริมสิทธิมนุษยชนได้รวมองค์กรพัฒนาเอกชน 22 แห่งเข้าด้วยกันเพื่อจัดตั้ง “แนวร่วมส่งเสริมสถาบันสิทธิมนุษยชนแห่งชาติ” เพื่อส่งเสริมการจัดตั้งสถาบันสิทธิมนุษยชนแห่งชาติ กีฬา กระบวนการนี้เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดกับสถานการณ์ในประเทศและต่างประเทศในทศวรรษที่ 1990 รวมถึงความสำเร็จของโครงการประชาธิปไตยในการปฏิรูปรัฐธรรมนูญในไต้หวัน นานาชาติ สหประชาชาติเริ่มให้ความสำคัญกับการจัดตั้งและการดำเนินงานของกลไกสิทธิมนุษยชนระดับชาติ
เกี่ยวกับการจัดตั้งสถาบันสิทธิมนุษยชนแห่งชาติ คณะมนตรีเศรษฐกิจและสังคมแห่งสหประชาชาติได้ขอให้ประเทศสมาชิกพิจารณาจัดตั้งกลุ่มข้อมูลหรือสถาบันสิทธิมนุษยชนระดับภูมิภาคเป็นครั้งแรกในปี พ.ศ. 2489 อีกสองปีต่อมา ในปี พ.ศ. 2491 องค์การสหประชาชาติได้ผ่านปฏิญญาสากลว่าด้วยสิทธิมนุษยชน กติการะหว่างประเทศว่าด้วยสิทธิพลเมืองและสิทธิทางการเมือง และกติการะหว่างประเทศว่าด้วยสิทธิทางเศรษฐกิจ สังคม และวัฒนธรรม ในปี พ.ศ. 2509 การให้ความสำคัญกับประเด็นสิทธิมนุษยชนกลายเป็นประเด็นสำคัญ งานขององค์การสหประชาชาติ
ในปี พ.ศ. 2521 คณะกรรมาธิการสิทธิมนุษยชนแห่งสหประชาชาติ (คณะมนตรีสิทธิมนุษยชนรุ่นก่อน) ได้จัดการสัมมนาและร่างแนวปฏิบัติสำหรับองค์กรและหน้าที่ของสถาบันสิทธิมนุษยชน ต่อจากนั้น สมัชชาใหญ่แห่งสหประชาชาติได้รับรองอนุสัญญาสิทธิมนุษยชนระหว่างประเทศว่าด้วยสตรี การห้ามทรมาน เด็ก แรงงานข้ามชาติ และบุคคลทุพพลภาพ ด้วยการจัดตั้งมาตรฐานสิทธิมนุษยชนระหว่างประเทศเหล่านี้ สหประชาชาติยังสนับสนุนให้ประเทศต่างๆ จัดตั้งสถาบันสิทธิมนุษยชนแห่งชาติเพื่อปฏิบัติตามและปฏิบัติตามอนุสัญญาสิทธิมนุษยชนระหว่างประเทศเหล่านี้
องค์การสหประชาชาติรับรอง "หลักการปารีส" เพื่อวางแนวทางในการจัดตั้งสถาบันสิทธิมนุษยชนแห่งชาติ ในปี พ.ศ. 2533 สถาบันสิทธิมนุษยชนแห่งสหประชาชาติขอให้มีการสัมมนาซึ่งมีผู้แทนสถาบันระดับชาติและระดับภูมิภาคเข้าร่วมในการส่งเสริม และการคุ้มครองสิทธิมนุษยชน
ตั้งแต่วันที่ 7 ถึง 9 ตุลาคม พ.ศ. 2534 การสัมมนาครั้งแรกจัดขึ้นที่กรุงปารีส และบทสรุปของการประชุมคือ "หลักการที่เกี่ยวข้องกับสถานะของสถาบันแห่งชาติเพื่อการส่งเสริมและคุ้มครองสิทธิมนุษยชน" เรียกว่า "หลักการปารีส" . จากนั้นเมื่อวันที่ 20 ธันวาคม พ.ศ. 2536 สมัชชาใหญ่แห่งสหประชาชาติได้รับรองหลักการนี้เพื่อส่งเสริม สนับสนุน และช่วยเหลือประเทศต่าง ๆ ในการจัดตั้งสถาบันสิทธิมนุษยชนแห่งชาติ และกำหนดให้สถาบันสิทธิมนุษยชนแห่งชาติมีหน้าที่และอำนาจที่หลากหลายเพื่อใช้ สอดคล้องกับมาตรฐานสิทธิมนุษยชนระหว่างประเทศ ความเป็นอิสระ และความเป็นพหุนิยม เพศ ทรัพยากรที่เพียงพอและอำนาจการสอบสวนที่เพียงพอ ต่อจากนั้น องค์การสหประชาชาติได้จัดตั้ง "คณะกรรมการประสานงานระหว่างประเทศของสถาบันแห่งชาติเพื่อการส่งเสริมและคุ้มครองสิทธิมนุษยชน (ICC)"
ภายใต้การส่งเสริมอย่างแข็งขันของ ICC ตามสถิติของนักวิชาการ Liao Ford ตั้งแต่ปี 2533 ถึง 2552 สถาบันสิทธิมนุษยชนแห่งชาติ 112 แห่งได้รับการจัดตั้งขึ้นอย่างต่อเนื่อง ในเวลาเดียวกัน ไต้หวันเป็นผู้ริเริ่มการปฏิรูปรัฐธรรมนูญให้เป็นประชาธิปไตย (พ.ศ. 2533) เสร็จสิ้นการเลือกตั้งรัฐสภาทั่วไปอีกครั้ง (พ.ศ. 2535) การเลือกตั้งประธานาธิบดีครั้งแรก (พ.ศ. 2539) และการเปลี่ยนพรรคการเมืองครั้งแรก (พ.ศ. 2543) ด้วยเหตุนี้ ภาคประชาสังคมและรัฐบาลจึงเริ่มดำเนินการจัดตั้งสถาบันสิทธิมนุษยชนแห่งชาติอย่างจริงจัง และในที่สุด ไต้หวันก็ได้จัดตั้งสถาบันสิทธิมนุษยชนแห่งชาติอย่างเป็นทางการในวันที่ 1 สิงหาคม 2020