Tổ chức Nhân quyền Quốc gia đã thông qua Luật Tổ chức vào ngày 10 tháng 12 năm 2019 và chính thức được thành lập vào ngày 1 tháng 8 năm 2020. Tổ chức nhân quyền quốc gia được thành lập tại Control Yuan có tổng cộng 10 thành viên ủy ban, bao gồm chủ tịch, phó chủ tịch và 8 thành viên.
Việc thành lập một tổ chức nhân quyền quốc gia ở Đài Loan bắt nguồn từ sáng kiến của học giả nhân quyền Giáo sư Huang Mo vào năm 1997. Năm 1999, Huang Wenxiong, chủ tịch Hiệp hội Thúc đẩy Nhân quyền Đài Loan, đã thống nhất 22 tổ chức phi chính phủ để thành lập "Liên minh xúc tiến thể chế nhân quyền quốc gia" để thúc đẩy việc thành lập một thể chế nhân quyền quốc gia. Quá trình này có quan hệ mật thiết với tình hình trong và ngoài nước những năm 1990, bao gồm việc hoàn thành dự án dân chủ hóa cải cách hiến pháp ở Đài Loan; Liên hợp quốc quốc tế bắt đầu quan tâm hơn đến việc thành lập và vận hành các cơ chế nhân quyền quốc gia.
Liên quan đến việc thành lập các tổ chức nhân quyền quốc gia, Hội đồng Kinh tế và Xã hội Liên Hợp Quốc lần đầu tiên yêu cầu các quốc gia thành viên xem xét việc thành lập các nhóm thông tin hoặc các tổ chức nhân quyền khu vực vào năm 1946. Hai năm sau, vào năm 1948, Liên Hợp Quốc đã thông qua Tuyên ngôn Quốc tế Nhân quyền, Công ước Quốc tế về các Quyền Dân sự và Chính trị và Công ước Quốc tế về các Quyền Kinh tế, Xã hội và Văn hóa vào năm 1966. Tập trung vào các vấn đề nhân quyền đã trở thành một nhiệm vụ quan trọng. công việc của Liên hợp quốc.
Năm 1978, Ủy ban Nhân quyền của Liên hợp quốc (tiền thân của Hội đồng Nhân quyền) tổ chức hội thảo và soạn thảo hướng dẫn về tổ chức và chức năng của các cơ quan nhân quyền. Sau đó, Đại hội đồng Liên hợp quốc đã liên tiếp thông qua các công ước quốc tế về quyền con người đối với phụ nữ, cấm tra tấn, trẻ em, lao động nhập cư và người khuyết tật. Với việc thiết lập các tiêu chuẩn nhân quyền quốc tế này, Liên Hợp Quốc cũng khuyến khích các quốc gia thành lập các cơ quan nhân quyền quốc gia để tuân theo và thực hành các công ước nhân quyền quốc tế này.
Liên Hợp Quốc đã thông qua "Các nguyên tắc Paris" để đưa ra các hướng dẫn cho việc thành lập các cơ quan nhân quyền quốc gia. Năm 1990, các cơ quan nhân quyền của Liên Hợp Quốc đã yêu cầu tổ chức một cuộc hội thảo với sự tham gia của đại diện các cơ quan quốc gia và khu vực tham gia vào việc thúc đẩy và bảo vệ nhân quyền.
Từ ngày 7 đến ngày 9 tháng 10 năm 1991, hội thảo đầu tiên được tổ chức tại Paris và kết luận của cuộc họp là "Các nguyên tắc liên quan đến tình trạng của các tổ chức quốc gia để thúc đẩy và bảo vệ nhân quyền", được gọi là "Các nguyên tắc Paris" . Sau đó, vào ngày 20 tháng 12 năm 1993, Đại hội đồng Liên Hợp Quốc đã thông qua nguyên tắc này để khuyến khích, ủng hộ và hỗ trợ các quốc gia thành lập các cơ quan nhân quyền quốc gia, đồng thời yêu cầu các cơ quan nhân quyền quốc gia đó phải có nhiều chức năng và quyền hạn được thực thi. phù hợp với các tiêu chuẩn nhân quyền quốc tế, cũng như độc lập và đa nguyên giới, nguồn lực đầy đủ và quyền hạn điều tra đầy đủ. Sau đó, Liên hợp quốc đã thành lập "Ủy ban điều phối quốc tế của các tổ chức quốc gia về thúc đẩy và bảo vệ nhân quyền (ICC)".
Dưới sự thúc đẩy tích cực của ICC, theo thống kê của học giả Liao Ford, từ năm 1990 đến 2009, 112 tổ chức nhân quyền quốc gia đã liên tiếp được thành lập. Đồng thời, chính Đài Loan đã khởi xướng cải cách hiến pháp dân chủ (1990), hoàn thành cuộc tổng tuyển cử lại quốc hội lần đầu tiên (1992), cuộc bầu cử tổng thống đầu tiên (1996) và lần hoán đổi đảng chính trị đầu tiên (2000). Do đó, xã hội dân sự và chính phủ cũng bắt đầu tích cực thực hiện việc thành lập cơ quan nhân quyền quốc gia, và cuối cùng Đài Loan đã chính thức thành lập cơ quan nhân quyền quốc gia vào ngày 1 tháng 8 năm 2020.