2013及2017年兩公約國家報告國際審查結論性意見與建議，強調被害者賠償、歷史真相揭露，及政府應保證被害人與研究人員能夠有效取用相關的國家檔案等。人權會整理監察院調查相關案件所存原始檔卷，並促請監察院公開相關調查報告，對於被害者或其家屬權利回復具有重要意義。
人權會於2021年3月開始調閱、分析及比對有關重大政治事件之調查案，發現威權統治時期結束，有18案涉及人權及轉型正義相關調查報告尚未對外界公布，如「四六事件」、「林義雄案」、「陳文成事件」等。人權會統整各尚未公布之調查報告的案名、檔號、調查意見及後續機關函復情形，依程序移請監察院各常設委員會審議內容並同意上網公布，並洽請國家發展委員會檔案管理局開放相關國家檔案目錄，以利社會各界自由瀏覽及申請檔案應用。
人權會報告指出，過往針對「四六事件」、「澎湖山東煙台聯合中學事件」、「中華民國海軍白色恐怖事件」等調查案，共同背景是當事人權益受損的事實不符過去補（賠）償法制規範的範疇，而使他們負屈含冤；另於2017年調查完成「鹿窟事件」報告，該事件因被逮捕及審判人數眾多，被認為係白色恐怖時期最大政治案件。人權會研析相關檔卷發現，該調查案後續曾函請前促進轉型正義委員會將6位遭刑求村民回復相關權利，但至今仍無結果。針對上述案件，人權會已函請行政院依當前轉型正義法制參處，初步已獲正面回應，期能儘速依法落實對被害者及其家屬之權利回復。
最後，人權會報告指出，過去調查「柏楊大力水手漫畫事件」過程，曾向國安局、調查局調卷，卻經該等機關以「涉及情報來源管道，不宜提供」、「內有佈線偵查資料，惠請保密」等理由，拒絕提供卷證。人權會建議權責機關應重新考量目前仍以國家安全為名的秘密檔案是否仍具保密必要，才能達到確實揭露歷史真相，建立真正的社會互信與和解。